1、最根本的区别：牡丹是能长到2米高大的木本植物，芍药是不高于1米矮小的（宿根块茎）草本植物。
2、牡丹比芍药花期早。牡丹一般在4月中下旬开花，而芍药则在5月上中旬开花。二者花期相差大约15天左右。
3、牡丹叶片宽，正面绿色绿色略呈黄色，而芍药叶片狭窄，正反面均为黑绿色；
4、牡丹的花朵着生于花枝顶端，多单生.花径一般在20厘米左右；而芍药的花多于枝顶族生.花径在15厘米左右。
5、牡丹被称为花王。芍药被称为花相。
6、牡丹叶片偏灰绿，芍药叶片较有光泽。
7、牡丹比芍药花色丰富。
牡丹-品种及花系
从花上鉴别
花是鉴定品种的重要依据之一 。牡丹与其它花卉一样，其主要特征集中于花冠上，欲分辩品种先要看花冠。
从花型上分
牡丹分类三类十二型。即单瓣类、重瓣类、重台类。单瓣型、荷花型、菊花型、蔷薇型、托桂型、金环型、皇冠型、绣球型、菊花台阁型、蔷薇台阁型、皇冠台阁型、绣球台阁型。最后四型可以概括为台阁型：由两朵重瓣单花重叠而成。分为“菊花叠”、“蔷薇叠”、“皇冠叠”、“绣球叠”。如“火炼金丹”、“昆山夜光”、“大魏紫”、“紫重楼”等。
从花色上分
牡丹系以八大色著称，如白色的“夜光白”、蓝色的“蓝田玉”、红色的“火炼金丹”、墨紫色的“种生黑”、紫色的“首案红”、绿色的“豆绿”、粉色的“赵粉”、黄色的“姚黄”。还有花色奇特的“二乔”、“娇容三变”等等，另外在同一色中，深浅浓淡也各不相同。
从香型上分
一般白色牡丹多香，紫色具烈香，黄粉具清香，只要“嗅其香便知其花”了。
从叶上鉴别
牡丹叶为3出2回复叶。因品种的不同，叶子所呈出现来的形状、宽窄、厚薄、颜色等方面各不相同。如“大胡红”叶大、圆而肥厚，叶面多平展。如“墨洒金”叶形大而长，但小叶较狭长，质地薄，较稀疏开展或下垂。如“状元红”全叶中等大小，小叶长椭圆型，边缘缺多且较尖、上卷，叶多斜伸。如“豆绿”叶背有一层白绒毛。如“大棕紫”叶色发紫红等。

从枝干上辨别
这一方法是通过株形和分枝方式来区别品种。牡丹为丛生灌木，因不同的品种，其株形和分枝方式也不相同。
直立型：枝条开张角度小，直立向上，节间长，长势强，株丛高大，如“洛阳红”、““桃李增艳”等。
开展型：枝条开张角度大，向四周延伸，株形低矮。如“一品朱衣”、“赵粉”等。
半开展型：介于上述两型之间，如“脂红”、“蓝田玉”等。
分枝方式又分单枝型和丛枝型。
单枝型：当年生枝间较长，着新生芽少，此芽翌年早春抽发成枝，株高，枝稀疏，如“姚黄”、“粉二乔”等。
丛枝型：当年生枝间较短，新生芽多且发枝力强。当年即可形成丛生状短枝，株矮枝密。如“葛巾紫”、“瑛王名宝珠”等。
从芽上识别
牡丹不同的品种，其芽形与芽色也不尽相同。“洛阳春”的芽尖而圆；“朱砂垒”的芽呈狭尖型；“青龙卧墨池”的芽尖而带钩，好似鹰嘴。至于芽色就更为丰富：“百花妒”的芽为黄绿色；“脂红”的芽为绿色；“墨魁”的芽为暗紫色等。芽色与花色有一定的相关性，芽色深者，花色也深；芽色浅者，花色也浅。
从果实上识别
一般结实力强，心皮呈开张轮状辐射排列的品种，多为单瓣和半重瓣品种，如“似金莲”、“凤丹”等。结实率低，果实成簇生状，多为重瓣起楼品种，如“二乔”、“朱砂垒”等。
从根上分辩
牡丹的根部也作为区别其品种的辅助手段。一些品种根系中毛细根少，根的粗细较均匀，如“葛巾紫”。另一些品种有较多毛细根，呈蓬状，如“瑛王名宝珠”大多数品种根为白、黄白、红白色等，而“首案红”根呈紫红色，为识别此品种的重要依据之一。