牡丹喜肥怕涝，不同于草坪等地被植物，如果长期遭受贫瘠土壤和大水漫灌地不断破坏，就会出现植株弱小、花型逐渐缩退的现象，此时应该针对土壤加强管理来提升其观赏力。
不同深度的土壤养分对牡丹根系吸收营养影响十分明显，土壤养分随土壤深度加大逐渐缺失。牡丹属于深根系，吸收肥力的主要范围是20厘米以下的深度，土壤仅具有自然肥力的水平，长期消耗养分而得不到相应的补充，不能满足植物根系对养分的需要。通过穴施增加深层土壤肥力，并且在穴施的过程中改善土壤通风状况，使速效磷分解加快，增加相应土层速效磷的含量，加快花芽分化过程，延长花期，使花色更艳丽。
在牡丹开花过程中，各种营养成分都是一个能量消耗明显的过程，开花前期是确保当年盛花的关键营养时期，及时供给营养对于其生长发育具有非常重要的作用。
1.加强春季花前肥的施入。
此时正处于花蕾发育的显蕾期，叶面舒展，施用有机和无机结合的复混肥，以满足牡丹此时对养分完全而大量的需求。牡丹有些植株出现下部老叶黄而早落的现象，可能是氮含量低；出现叶片皱缩、焦枯可能速效钾低；由于呼吸作用旺盛，养分大量消耗，磷肥过量时，会造成植物早熟，植株矮小。
2.开花前如遇春雨，土壤水分大不能使用传统施肥技术沤肥浇肥水时，推荐使用复混颗粒肥进行穴施。
牡丹须根少，土壤水肥控制不好对根系吸收土壤肥力具有很强的抑制作用。尤其在夏季湿热的气候环境下，很容易因为高温和土壤积水造成根系腐烂，导致生长势衰弱。此时穴施复混颗粒肥能够延长花期。复混肥相对于传统沤肥和单质肥料节省空间，省时省力，吸收利用率强，成本低，也避免施肥过程中气味难闻影响观赏力，锁水力差造成径流污染环境。