水生植物在碎石等基质内为微生物群落创造有力的活动场所，同时形成整个人工湿地系统绿化的一部分，因此植物的选择很重要。高等水生维管植物一般可作为人工湿地的种植植物。如：芦苇、香蒲、灯心草、水葱、竹等植物净化污水能力优秀。选择植物时需注意的是：

    （1）耐污能力和抗寒能力能力强，又易于本乡土生长。最好以本乡土植物为主。

    （2）根系发达，茎叶茂密。

    （3）抗病除害能力强。

    （4）有一定的经济价值。

    选择好的人工湿地的栽种植物以后，应考虑到兼性塘中种植净水能力强的水生植物如凤眼莲、浮萍、水葱等，放养耐污能力强的鲤、鲫等鱼种组成水生生物塘。还应设计好整个人工湿地系统绿化工程，使之形成一个综合性生态系统。此外，水生植物季相性很强，选择植物时还应考虑的冬季景观。